Quân Phổ đã gần như gói gọn quân Áo, nhưng không thể tiêu diệt hoàn toàn theo ý muốn của Moltke. Người Áo đã rút chạy thành công trong gang tấc. Trái ngược với toan tính của Moltke, trận đánh lớn bằng kỵ binh ở Stresetice không hề nổ ra. Cuộc chiến năm 1866 cho thấy sự bất lực của lực lượng kỵ binh Phổ về nhiều mặt. Chỉ có 39 trong 350 khối kỵ binh Phổ, vốn được giao nhiệm vụ dẫn đầu cuộc truy sát quân đội Áo bại trận, đã nhập trận tại Stresetice, và không một khối kỵ binh nào truy kích những mớ bộ binh náo loạn của Tập đoàn quân phía Bắc sau khi các đợt phản công của kỵ binh trừ bị Áo bị đập tan. Bên cạnh tinh thần chiến đấu hy sinh của kỵ binh và pháo binh Áo, quân tướng Phổ đã kiệt sức ("nhiều người trong số họ đã hành binh 19 tiếng đồng hồ và đánh địch 10 tiếng đồng hồ" theo chính sử của Bộ Tổng tham mưu) để có thể truy kích hiệu quả, trong khi các đơn vị quân đội bị biến thành một đống hỗn tạp khó thể gỡ ra do binh lính của Tập đoàn quân số 2 đã đổ dồn vào phía trước Tập đoàn quân số 1. Rạng sáng ngày 4 tháng 7 năm 1866, tin tức về cuộc tháo chạy an toàn của quân Áo làm cho Moltke thất vọng, và vào năm 1867 ông đã bày tỏ thái độ hối tiếc và sự thất bại này. Song, trận Sedan bốn năm sau đó cho thấy ông và các tướng lĩnh dưới quyền đã rút ra bài học kinh nghiệm từ đống hỗn độn này.[38][47][57][61][66] Một số nhà bình luận, trong đó có sử gia người Mỹ Geoffrey Wawro, quy cho Moltke trách nhiệm về việc để quân chủ lực Áo rút khỏi trận địa, song sử gia Mỹ Max Boot khẳng định rằng đây không phải là một thiếu sót lớn. Quân Áo đã thiệt hại hết sức nặng nề trong khi pháo binh và tiếp tế của họ bị bỏ lại chiến trường[32][61]. Dù gì đi nữa, Königgrätz cũng là trận đánh quyết định của chiến dịch. Không một lữ đoàn bộ binh nào của Benedek là còn có khả năng tác chiến hiệu quả.[67] Một sĩ quan tham mưu của ông ta khi thị sát các lực lượng rệu rã của Tập đoàn quân phía Bắc đã cho biết họ "không còn là một tập đoàn quân nữa, mà đúng hơn là một đám khố rách áo ôm gồm những tên ngu dốt, lười biếng và lập dị". Trong những tuần lễ sau đó, quân đội Phổ tiếp tục truy kích đối thủ bại trận. Giờ đây, con đường đã rộng mở cho quân đội Phổ tiến vào Viên và sự sụp đổ của vương triều Habsburg là điều hoàn toàn có thể xảy ra.[14][61][68]

Để nhanh chóng đánh chiếm Viên và áp đặt một nền hòa bình với Áo trước khi Áo và Nga – giờ đây đang bận tâm về một sự thay đổi cán cân quyền lực ở châu Âu – có thể can thiệp bằng vũ lực, Moltke hạ lệnh cho các lực lượng Phổ từ bỏ các đoàn tiếp tế lương thảo của mình và thay vì đó phải trưng dụng lương thực để sống. Giữa tháng 7 năm 1866, một nhà ngoại giao Anh cho biết, ba tập đoàn quân Phổ cùng với các toán "biệt kích trưng dụng" của họ đã biến lãnh thổ phía bắc sông Donau của Áo thành một "sa mạc rộng lớn". Đối mặt với sự tàn phá có hệ thống trên những vương thổ giàu có nhất của mình, Franz Joseph hy vọng Pháp sẽ can thiệp. Ngay từ ngày 5 tháng 7, ông ra lệnh cho Đại sứ Áo ở Paris, Vương công Richard Metternich (con của nhà ngoại giao nổi tiếng Klemens von Metternich giữa thế kỷ 19) cầu khẩn Napoléon tấn công Phổ. Tuy nhiên, yêu cầu của Franz Joseph đã không được Napoléon đáp trả. Giữa lúc quân Phổ đang kéo về Viên, Bá tước Beust, Thủ tướng Sachsen, sang Pháp để lặp lại lời cầu cứu Napoléon. Beust đã tiên đoán đúng khi ông cảnh báo Napoléon rằng nếu không đánh Phổ ngay bên giờ, Pháp sẽ phải đương đầu với toàn bộ nước Đức được vũ trang về sau này. Nhưng, do không lường trước được chiến thắng Königgrätz của Phổ, hoàng đế nước Pháp chưa chuẩn bị trước và không có tâm tạng để đối mắt với những người thắng trận này. Tình hình vẫn chưa phải là hoàn toàn tuyệt vọng với Áo sau trận Königgrätz, do thắng lợi của họ trước quân Ý trong trận Custozza đã tạo điều kiện cho Tập đoàn quân phía Nam của Áo rảnh tay để đối phó với quân Phổ về hướng bắc, và viên chỉ huy của tập đoàn quân này là Albrecht đã được bổ nhiệm làm Tổng tư lệnh tất cả các tập đoàn quân Áo vào ngày 10 tháng 7 để tổ chức phòng nự kinh thành Viên. Song, sự tan rã của Tập đoàn quân phía Bắc ngoài mặt trận, kết hợp với sự suy sụp tinh thần của dân chúng Áo tại hậu phương cũng chứng tỏ người Áo không thể tiếp tục chiến tranh. Phần lớn công chúng Áo phản đối tiến hành chiến tranh du kích – một cuộc đấu tranh tới cùng để bảo vệ Tổ quốc, mà thay vì đó họ ép buộc Hoàng đế phải nghị hòa. Giờ đây, hoàng đế Áo cố gắng cứu vãn những gì còn có thể cứu được bằng một hiệp ước hoà bình với Phổ, với hy vọng sẽ phục thù trong tương lai. Vào ngày 22 tháng 7 năm 1866, Franz Joseph I quyết định nhân nhượng với Phổ.[43][9][21][27][61][69] Trận đánh cuối cùng của cuộc chiến đã diễn ra ở Blumenau đúng vào ngày hôm đó, khi Hiệp định đình chiến giữa hai bên đang được ký kết.

Trong khi các võ tướng Phổ đều nóng lòng khai thác thắng lợi của mình, và Moltke cũng không ngoại lệ, quan điểm Bismarck thì ngược lại.[14] Với tầm nhìn ngoại giao của mình, ông không hề có ý định đạp đổ nền quân chủ Habsburg, thay vì đó ông mong muốn chấm dứt sớm chiến tranh trước khi Nga và Pháp có thể can dự. Bismarck đã ra sức thuyết phục vua Wilhelm I không nên áp đặt những điều khoản hòa bình khắc nghiệt đối với Áo. Phấn khởi vì chiến thắng, nhà vua muốn buộc Áo và Bayern cắt đất cho mình và tổ chức lễ diễu binh khải hoàn ở Viên. Trái lại, Bismarck chủ trương đề xuất những điều khoản mềm dịu, nhằm loại nước Áo ra khỏi Đức nhưng đồng thời tránh hạ nhục Áo càng nhiều càng tốt, đặt nền tảng cho sự hợp tác giữa hai nước trong tương lai. Ông thậm chí còn dùng đến cả nước mắt trong những cuộc tranh cãi quyết liệt với nhà vua. Cuối cùng thì Bismarck đã thắng. Hai bên ký kết hòa ước sơ bộ ở Nikolsburg (Nam Mähren) vào ngày 26 tháng 6 năm 1866, và những điều khoản của nó được xác nhận tại Hòa ước Praha vào ngày 23 tháng 8 năm 1866. Theo đó, Áo bị loại ra khỏi Đức, và chấp thuận bất kỳ một sắp đặt nào mà Phổ mong muốn đối với phần lãnh thổ phía Bắc sông Main, nói cách khác là miền Bắc Đức. Liên minh các quốc gia Đức bị giải tán, và phần lớn các bang Bắc Đức (trong đó có Schleswig và Holstein) bị sáp nhập vào lãnh thổ Phổ. Về sau, Liên bang Bắc Đức được hình thành từ các bang còn lại nhà nước và công quốc còn lại ở miền Bắc Đức, do Triều đình Berlin lãnh đạo. Phổ cũng buộc Áo phải nộp một khoản chiến phí gồm 20 triệu thaler (tương đương với 15 triệu Mỹ kim), nhưng không giành lấy một lãnh thổ nào của Áo.[27][30][33][69][70][71][72]

Ngoài ra, chiến thắng oanh liệt của Phổ trong trận này đã làm cho nước Pháp hết sức kinh ngạc. Hầu như chỉ trong chốc lát, một lân bang nhỏ bé và dễ kiềm chế đã vươn lên thành một thế lực quân sự và công nghiệp khổng lồ. Với việc vinh quang của Solferino bị lu mờ trước Königgrätz, những thắng lợi của Phổ đánh một đòn nặng nề vào niềm kiêu hãnh và tinh thần dân tộc của Pháp, làm người Pháp cảm thấy bị mình xúc phạm và thách thức. Các quan chức của Napoléon III đã khuyên hoàng đế phải ra tay ngay lập tức để ngăn ngừa hậu họa. "Sự vĩ đại là tương đối", viên cơ mật đại thần của hoàng đế Pháp cảnh báo, "sức mạnh của một quốc gia có thể bị tiêu ma chỉ do một sự thật là những lực lượng mới nổi đang tụ tập quanh nó". Eugène Rouher, Quốc vụ khanh Pháp, còn nói cụ thể hơn: "Đập nát Phổ và chiếm vùng Rhein". Nói đến Rhein, Rouher ám chỉ các thành phố ở miền Tây Phổ (Köln, Düsseldorf và vùng Ruhr với các thành phố Essen, Bochum và Dortmund ở Westfalen), những trung tâm công nghiệp quan trọng mà Berlin không thể tồn tại nếu không có. Ngay cả những người theo chủ nghĩa tự do đối lập với Napoléon cũng chủ trương ủng hộ các cuộc phiêu lưu quân sự. Thay vì đó, Napoléon chưa gây chiến mà ông ta thử lừa phỉnh Bismarck. Đầu tháng 8 năm 1866, một tháng sau trận Königgrätz, khi quân đội Phổ còn đang lo bình định đất Áo, Napoléon đột ngột yêu cầu Phổ hỗ trợ cho người Pháp lập lại "những đường biên giới năm 1814", nói cách khác là Pháp muốn giành lại vùng lãnh thổ hình vuông ở bờ trái sông Rhein đã bị sáp nhập vào Pháp trong Chiến tranh Cách mạng Pháp và được trả lại cho các bang Đức sau trận Waterloo. Không may cho Pháp, tham vọng bành trướng này đã triệt hạ khả năng xây dựng hình ảnh của họ như là "người bảo hộ các quốc gia Nam Đức". Bismarck lấy đó làm cơ sở để đe dọa sẽ thống nhất toàn bộ nước Đức chống lại Pháp đồng thời tiến hành ký kết những bản hòa ước riêng lẻ của Phổ với các quốc gia Nam Đức nhằm hướng đến những liên minh quân sự theo đó Phổ chỉ huy quân đội và các tuyến đường sắt của những nước này trong thời bình. Hoàng đế Pháp đành phải bỏ cuộc và Hòa ước Praha được ký kết vào ngày 23 tháng 8 như đã nêu.[27][73][74] Nhìn nhận trận đánh như là một thất bại của Pháp, dư luận Pháp trong tâm trạng phẫn nộ đã đề nghị "Revanche pour Sadova", có nghĩa là Báo thù cho Sadowa.[33][75] Điều này đã góp phần dẫn đến cuộc Chiến tranh Pháp-Đức năm 1870, trong đó Moltke đã bắt gọn 9 vạn quân chủ lực Pháp của Napoléon III ở Sedan vào ngày 11 tháng 9.